Nörofibromatozis tip 1 olgularında DNA tamir genlerinin ekspresyonunun klinik önemi

Abstract

AMAÇ: Nörofibromatozis Tip 1 (NF1), çe_x0002_itli fenotiplere sahip, sık görülen otozomal dominant genetik bir hastalıktır. NF1 hastalarının klinik çe_x0002_itlili_x0001_inin genetik nedeni sorgulanmaktadır. DNA onarım genleri DNA? daki hataların onarımından sorumludur. Biz DNA onarım genlerinin ekspresyonunu ve onların NF1 hastalarındaki klinik önemini nörofibrom, hamartomatöz lezyon, di_x0001_er tümörler ya da ailesel NF1 varlı_x0001_ı ile kar_x0002_ıla_x0002_tırarak analiz etmeyi amaçladık. Bu çalı_x0002_manın di_x0001_er amacı gen ekspresyonları ile klinik bulgular arasında ili_x0002_ki olup olmadı_x0001_ını belirlemekti. METOD: NF1? li hastalar ve NF1 ile birlikte malignitesi olan hastalar çalı_x0002_maya alındı. Kontrol grubu olarak da benzer ya_x0002_ grubundaki her hangi bir hastalı_x0001_ı olmayan çocuklar ve NF1 ile ilgisi olmayan maligniteli olgular olu_x0002_turdu. Çalı_x0002_ma toplam 46 olgu içermekteydi: 36 NF1 hastası (30 çocuk; 6 ebeveyn), hiç bir hastalı_x0001_ı olmayan 8 kontrol olgusu, rabdomiyosarkomlu NF1 olmayan 2 kontrol olgusuydu. 8 kontrol olgusunun ya_x0002_ ortalaması 17±7,03 (10-30 ya_x0002_) (ortanca 13 ya_x0002_) idi. NF1 olgularının 17? si kadın 19? u erkekti. NF1? li olgularımız için tanı anındaki ya_x0002_ ortalaması 10,08±8,86 (9 ay- 38 ya_x0002_) (ortanca 8 ya_x0002_) iken hastalarımızın çalı_x0002_maya alınan ebeveynlerinin ya_x0002_ ortalaması 40,50±1,22 (39-42 ya_x0002_) (ortanca40 ya_x0002_) idi. 36 hastanın, 17? si nörofibromlu, 17? si hamartomatöz lezyonluydu. 1 hastada rabdomiyosarkom gözlenmi_x0002_, 1 hasta meme kanseri ve 4 hasta da optik gliomluydu. Her bir hasta ve kontrol grubundan periferik kandan mononükleer hücre izolasyonu yapıldı. RNA izolasyonu ve cDNA dönü_x0002_ümünden sonra, her bir olguda Real-Time PCR ile DNA onarımı ile ili_x0002_kili 84 genin ekspresyonu (standart array, SABiosciences) _x0003__x0002_belirlendi. Ekspresyonların kontrol grubuna göre kat de_x0001_i_x0002_iklikleri ve T test ile p de_x0001_eri kar_x0002_ıla_x0002_tırmalı gruplarda de_x0001_erlendirildi. BULGULAR: Ara_x0002_tırma grubunu 36 NF1 hastası, kontrol grubunu ise 8 sa_x0001_lam çocuk ve 2 adet de NF1 ile ili_x0002_kisi olmayan maligniteli olgu (rabdomiyosarkom) olu_x0002_turmaktadır. NF1 olgularında, PNKP, RAD18, XAB2, XRCC3, XRCC4 ve XRCC5 genlerinin ekspresyonu kontrol grup ile kar_x0002_ıla_x0002_tırıldı_x0001_ında azaldı (p<0.05, T test). Nörofibromlu NF 1 olgularında, nörofibromsuz NF 1 olgularıyla kar_x0002_ıla_x0002_tırıldı_x0001_ında POLB ekspersyonu artarken; ERCC3,LIG1,MGMT, MRE11A, MPG, MSH6, PARP2, PRKDC, RAD51B, RAD52, RPA3, SMUG1, TREX1, UNG ekspresyonu azaldı. RAD18 ailesel NF 1 varlı_x0001_ında ekspresyonu azalmı_x0002_ ve istatistiksel olarak önemli oldu_x0001_u saptandı. Malign tümör olgularında NF 1? li ya da NF 1? siz gruplar kar_x0002_ıla_x0002_tırıldı_x0001_ında gen ekspresyonunda kat de_x0001_i_x0002_iklikleri vardı. DDB2, MGMT, MLH1, POLB UNG, XPA ekspresyonları arttı. NF 1?li RMS olgusu ile NF 1? siz RMS olguları kar_x0002_ıla_x0002_tırıldı_x0001_ında DDB2, MGMT, MLH1, POLB, UNG, XPA olmak üzere 6 genin ekspresyonu 10 kattan fazla arttı. SONUÇ: Bulgularımız NF 1 olgularındaki klinik bulguları öngörmek için DNA onarım sistemi ili_x0002_kili gen ekspresyon de_x0001_i_x0002_ikliklerinin rolü olabilece_x0001_ini göstermi_x0002_tir OBJECTIVE: Neurofibromatosis Type 1 (NF1) is a a common autosomal dominant genetic disorder that has a variable phenotype. The genetical causes of clinical variability of NF1 patients is questioned. DNA repair genes are responsible for proofreading the missing in the DNA. We aimed to analyze expression of DNA repair genes and their clinical significance in NF1 patients; comparing exsistance of neurofibroma or hamartomatous lesions or other tumours or existance of NF1 in the family. The other aim of this study was to determine whether any relationship between gene expressions and clinical findings. METHOD: NF1 patients and malignancy with NF1 pateints were included and in this study. In the control gruop children that they are in the similar age group and they have no disease and no malignacy group were included. This study included total 46 cases. 36 NF1 patients (30 children; 6 parents), 8 control cases without any disease, two control cases with rhabdomyosarcoma without NF1 were included in this study. The mean age of control group was 17±7,03 (10-30 age) (median 13 age). In the NF1 pateints gruop 17 of them are female, and 19 are male. The mean age at diagnosis is 10,08±8,86 (9 months- 38 age)(median age 8) for children and 40,50±1,22 (39-42 age) (median age 40) for parents. Among 36 patients, 17 had neurofibromas, 17 had hamartomatous lesions. Rhabdomyosarcoma (RMS) was observed in one patient, breast cancer in one patient and four patients suffered optic _x0005__x0002_ _x0002_ glioma. Peripheral blood was obtained from each cases and mononuclear cells were separated. After RNA isolation and cDNA converting, expressions of 84 genes related with DNA Repair in standard array (SABiosciences) were determined by Real-Time PCR for each case. Fold changes and p values compared with control groups and fold changes evaluated with T test and p value in the comperative groups. RESULTS: 36 NF1 patients, 8 healty children as a control and 2 cases no NF1 realtionship with malignancy (rhabdomyosarcoma) were included in the study group. In NF1 cases PNKP, RAD18, XAB2, XRCC3, XRCC4 and XRCC5 genes were downregulated compared with control group. In NF1 cases having neurofibromas, POLB was overexpressed; while ERCC3, LIG1, MGMT, MRE11A, MPG, MSH6, PARP2, PRKDC, RAD51B, RAD52, RPA3, SMUG1, TREX1, UNG were downregulated compared with the NF1 cases without neurofibromas (p<0.05, T test). RAD18 is the downregulated and statistical significant gene for existance of NF1 in the family. There are gene expression fold change differences determined when malign tumor cases with/without NF1 were compared. DDB2, MGMT, MLH1, POLB UNG, XPA are increased. CONCLUSION: Our results may point toward a role of gene expression changes of DNA repair system to be predictive for clinical manifestations in NF1 cases.