Reachability analysis of lac operon under parameter uncertainties

Abstract

Bu tezde, erişilebilirik analizinin zorlukları üzerine durulmuştur. Yüksek mertebeli sistem modellerinde, erişilebilirlik analizi yapabilmek için, öncelikle tek boyutta erişilebilirlik analizi çalışmaları yapılıp, gerekli tecrübe ve bilgi edinilmiştir. Bu bilgiler daha sonra, yüksek mertebeli sistem modellerinin simulasyonlarını yapma ve sonuçları yorumlamada kullanılmıştır. Bir boyut için, öncelikle uydurulmuş parça-parça doğru bir sistem çalışılmış daha sonra , lac-T nin tek boyutta erişilebilirlik analizi yapılmıştır. Ayrıca, parametrelerin belirsizliği durumunda erişilebilirlik analizi kullanılmıştır. Daha sonra, 3 boyutlu bir protein-gen modelinin simulasyonu sabit ve dinamik bölme için yapılmıştır. In this thesis, reachability analysis simulation challenges are discussed. In order to understand simulation challenges in higher orders, first one dimensional case is studied. And after that, the information and experience obtained from one dimensional case is used to simulate higher dimension systems and interpret the results. For one dimensional case, first, a trivial piecewise linear system is discussed and after that a real model of lac-T is studied in one dimension for certain parameters. In this model, how reachability analysis can be used for uncertainty of parameters is explained. And after that, a 3 dimensional gene-protein relationship case is considered, for fixed partition and dynamic partition. Results are interpreted.